Como eu crio o esqueleto de um projeto usando Autotools?

Eu não estou precisando, mas já precisei várias vezes, então queria complementar a pergunta com:
E se o projeto for minimamente mais complicado: como fazer se deve ser gerado dois binários diferentes?

Eu não estou precisando, mas já precisei várias vezes, então queria complementar a pergunta com: E se o projeto for minimamente mais complicado e envolver a compilação de dois ou três binários?

Seria só, no exemplo abaixo, colocar os nomes dos outros binários no em bin_PROGRAMS e depois criar uma linha nomedobinario_SOURCES para cada um. Os sources podem ter intersecção não nula. No caso, se eu tivesse, além do helloworld um binário hithere que precisasse chamar helloworld(), a linha hithere_SOURCES seria = hithere.c helloworld.h helloworld.c.

Seria só, no exemplo abaixo, colocar os nomes dos outros binários em binPROGRAMS e depois criar uma linha nomedobinarioSOURCES para cada um. Os sources podem ter intersecção não nula. No caso, se eu tivesse, além do helloworld um binário hithere que precisasse chamar helloworld(), a linha hithere_SOURCES seria = hithere.c helloworld.h helloworld.c. Você poderia colocá-los em diretórios separados também, cada um com seu Makefile.am, e adicionar o novo diretório a SUBDIRS no Makefile.am do diretório-pai.